16 KJEMI 1 2026 uendret, noe som indikerer at analysen er selektiv for β-clamp bindere. Ideelt sett skulle flere eksperimenter med variasjon av detektor molekyler, test molekyler, pulssekvenser og konsentrasjoner ha blitt gjort for å øke følsomheten og identifisere begrensninger i assayet. I eksperimentene som er beskrevet oven- for inneholder analyseløsningen 1,3 % DMSO. Ved screening av et større panel av mulige bindere vil et høyere DMSO innhold være nødvendig. Stabiliteten til β-clamp under slike betingelser må derfor fastslås. Vi har foreløpig ikke finansiering til å fortsette dette prosjektet, men håper det kan anvendes i andre sammenhenger, og at dette kan være en inspirasjon for kjemikere som mangler biologisk testsystem for sine molekyler. ● Figure 3. 19F T2 NMR‑konkurranseeksperiment som viser prinsippet for analysen. Spektrum A (grønt) viser referansespekteret av detektor molekylet (R)-8e i buffer. Spektrum B (lilla) er referansespekteret for test molekylet (R,S)-8i i buffer. Spektrum C (blått) er fra blanding av (R)-8e med β‑clamp. Spektrum D (rødt) er fra konkurransen mellom (R)-8e og (R,S)-8i om bindingssetet på β‑clamp. Figur 4. ¹⁹F T₂ NMR eksperiment med fem fluorerte forbindelser, hvor (R) 8e er en sterk binder, mens 8b binder svakere. Det øverste (grønne) spekteret viser referansespekteret i buffer. Det nederste (røde) spekteret viser spekteret etter tilsetning av β‑clamp. Referanser (1) Simonsen, S.; Søgaard, C. K.; Olsen, J. G.; Otterlei, M.; Kragelund, B. B. The bacterial DNA sliding clamp, β-clamp: structure, interactions, dynamics and drug discovery. Cell. Mol. Life Sci. 2024, 81 (1), 245. DOI: https://doi.org/10.1007/s00018-024-05252-w. (2) Olsen, C. E.; Simonsen, S.; Merugu, S. R.; Eigner, V.; Aachmann, F. L.; Kragelund, B. B.; Sundby, E.; Hoff, B. H. Synthesis and evaluation of fluorinated tetrahydrocarbazoles as probes in NMR based binding assay of the E. coli β sliding clamp. Bioorg. Med. Chem. 2025, 122, 118139. DOI: https://doi.org/10.1016/j.bmc.2025.118139. (3) Viegas, A.; Manso, J.; Nobrega, F. L.; Cabrita, E. J. Saturation-Transfer Difference (STD) NMR: A Simple and Fast Method for Ligand Screening and Characterization of Protein Binding. J. Chem. Educ. 2011, 88 (7), 990–994. DOI: https://doi.org/10.1021/ed101169t. (4) de Castro, G. V.; Ciulli, A. Spy vs. spy: selecting the best reporter for 19F NMR competition experiments. Chem. Commun. 2019, 55 (10), 1482–1485, 10.1039/C8CC09790A. DOI: https://doi.org/10.1039/C8CC09790A. (5) Buchholz, C. R.; Pomerantz, W. C. K. 19F NMR viewed through two different lenses: ligand-observed and protein-observed 19F NMR applications for fragment-based drug discovery. RSC Chem. Biol. 2021, 2 (5), 1312–1330. DOI: https://doi.org/10.1039/D1CB00085C.
RkJQdWJsaXNoZXIy MTQ3Mzgy