14 KJEMI 1 2026 Kort om prosjektet og innledende undersøkelser I et samarbeid mellom NTNU og Københavns Universitet har vi etablert metodikk for å identifisere bindere, og dermed mulige hemmere til proteinet bakteriell sliding clamp (β-clamp). Dette er et dimerisk, ringformet hub-protein som er en del av det bakterielle DNA-replikasjonsapparatet. Proteinet omslutter dobbelttrådet DNA og binder DNA-polymerase III, og øker dermed transkripsjonshastigheten. Den essensielle rollen i replikasjon gjør β-clamp til et attraktivt mål for antibiotika1. Originalarbeidet kan finnes i denne referansen2, og var del av doktorgraden til Cecilie Elisabeth Olsen (Figur 1). Først ble en serie av 12 tetrahydrokarbazoler med og uten fluor syntetisert. Dette var den største del av arbeidet. Molekyler med binding til β-clamp ble identifisert ved hjelp av en NMR- teknikk som kalles «Saturation Transfer Difference» NMR3. Videre ble det fokusert på de fluorholdige stoffene med binding til β-clamp. For å stadfeste at molekylene binder til riktig sted ble to-dimensjonale NMR eksperimenter gjennomført med 2H, 13C, 15N merket β-clamp. Endring av kjemisk skift for spesifikke aminosyrer verifiserte korrekt bind- Bruk av 19F NMR spektroskopi til screening av bioaktive forbindelser Fluor har blitt et viktig element i utvikling av moderne legemidler, og det antas at 20-25% av FDA godkjente preparater inneholder fluoratomer. Fluor introduseres for å øke stabilitet, blokkere metabolisme, eller endre syre/base egenskaper og fettløselighet. For å analysere slike stoffer trengs egnede teknikker. 19F-kjernen har 100 % naturlig isotopforekomst og høy gyromagnetisk ratio, noe som gir sterke NMR signaler. Dette er svært nyttig i strukturoppklaring av fluorholdige forbindelser og som prosessanalyse. Ved bruk av spesielle T2 relaksasjons-eksperimenter med såkalte Carr–Purcell–Meiboom–Gill pulssekvenser, kan man screene for binding av små molekyler til proteiner. Her viser vi hvordan et slikt assay fungerer. Bård Helge Hoff, Institutt for kjemi og bioingeniørfag, NTNU Figur 1. Cecilie Elisabeth Olsen flankert av veiledere Bård Helge Hoff og Eirik Sundby.
RkJQdWJsaXNoZXIy MTQ3Mzgy